Nejvýznamnější součástí vědecké činnosti pracovníků ÚFKL PřF, studentů oboru Fyzika kondenzovaných látek doktorského studijního programu Fyzika a studentů oboru Fyzika kondenzovaných látek magisterského studijního programu Fyzika je výzkum struktury (uspořádání atomů), elektronové struktury (chování souboru elektronů) a optické odezvy (reakce na elektromagnetické pole) vybraných pokročilých materiálů. Je zaměřen na určení a obvykle též objasnění vlastností těchto materiálů zajímavých v kontextu základního výzkumu a v některých případech též z hlediska potenciálních aplikací v nedaleké budoucnosti a na vývoj příslušných měřicích a výpočetních metod. Cílem projektu je uskutečňovat tento výzkum se zapojením studentů i nadále, zejména v následujících oblastech: (a) polovodičové nanostruktury, zejména kvantové tečky vzniklé samouspořádávacími procesy; (b) technologicky významné objemové polovodiče a příměsi v nich; (c) oxidy a pniktidy přechodových kovů, zejména vysokoteplotní supravodiče; (d) Povrchové plasmony; (e) Topologické izolanty.