Projekt je zaměřen na studium rostlinných druhů a společenstev moderními vědeckými metodami, s důrazem na biodiverzitu, ekologii, biogeografické a evoluční vztahy. Je koncipován multidisciplinárně a představuje věcné propojení klasické systematické botaniky, evolučně-molekulární biosystematiky, biogeografie, paleoekologie a vegetační ekologie s přesahem k multi-taxonomickému hodnocení diverzity. Hlavním zaměřením výzkumu je (1) studium interakcí mezi biotickými populacemi a abiotickým prostředím, (2) hodnocení diverzity jednotlivých společenstev a ekosystémů podél gradientů prostředí s využitím bioinformačních a geoinformačních metod, (3) studium adaptací na suboptimální hodnoty ekologických faktorů, identifikace ekologických nik a jejich využití v bioindikačních systémech, (4) studium změn vegetace v krátkodobém i dlouhodobém měřítku, (5) tvorba typologií biotopů, (6) studium variability genomu rostlin ve vztahu k ekologicko-evolučním procesům. Toto mezioborové propojení umožní aktivní zapojení studentů do výzkumu vedeného na pracovišti navrhovatele a to nejen během vlastního
studia, ale také po jeho ukončení. V projektu bude zapojeno 6 akademických pracovníků, všichni jejich doktorandi (aktuálně se jedná o 21 doktorandů) a všichni magisterští studenti oboru botanika.