Informace o projektu
Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
- Kód projektu
- NR8967
- Období řešení
- 1/2006 - 12/2009
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo zdravotnictví ČR
- Resortní program výzkumu a vývoje - MZ
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Lékařská fakulta
- prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
- Mgr. Petra Pospíšilová, Ph.D.
- prof. MUDr. Jan Šmarda, DrSc.
- Klíčová slova
- Treponema pallidum, srovnávací genomika, PCR diagnostika, nukleotidové polymorfismy
- Spolupracující organizace
-
Fakultní nemocnice U sv. Anny Brno
- Odpovědná osoba doc. MUDr. Vladana Woznicová, Ph.D.
- Odpovědná osoba Mgr. Monika Dvořáková Heroldová, Ph.D.
- Odpovědná osoba prof. MUDr. Miroslav Votava, CSc.
- Odpovědná osoba MUDr. Jana Račovská
Projekt předpokládá vyšetření desítek až set kmenů a izolátů pddruhu T. pallidum ssp. apllidum v hypervariabilních oblastech genomu. Rozdíly v těchto sekvencích budou použity pro identifikaci individuálních kmenů tohoto poddruhu.
Rozdíly v genomech kmenů a izolátů poddruhu T. pallidum ssp. pallidum budou zjišťovány po PCR amplifikaci sekvenací PCR produktů. Bude navržen zjednodušený protokol na identifikaci nejčastějších kmenů na základě PCR aplifikace a RFLP.
Publikace
Počet publikací: 90
2009
-
The complete genome sequence of T. paraluiscuniculi strain Cuniculi A and its comparison with syphilis spirochete genome.
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Whole genome amplification and analysis: genome differences in the genus Treponema.
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Whole genome sequencing of pathogenic and nonpathogenic treponemes: comparison of syphilis and yaws strains with T. paraluiscuniculi.
Clinical Microbiology and Infection, Volume 15, Issue s4, Abstracts of the 19th ECCMID, P1329, rok: 2009
2008
-
A novel Treponema pallidum antigen, TP0136, is an outer membrane protein that binds human fibronectin.
INFECTION AND IMMUNITY, rok: 2008, ročník: 76, vydání: 5
-
Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D.
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
Complete genome sequence of Treponema pallidum ssp. pallidum strain SS14 determined with oligonucleotide arrays
BMC Microbiology, rok: 2008, ročník: 8, vydání: 8
-
Diagnostika časné syfilidy metodou PCR, přínos pro klinickou praxi.
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
Genome differences in the genus Treponema.
XIX. Biologické dny, sborník abstrakt., rok: 2008
-
Mapování sekvenčních rozdílů opičího izolátu Treponema pallidum Fribourg-Blanc a lidských patogenních spirochet.
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
PCR detekce a kmenová typizace spirochety Treponema pallidum v biologickém materiálu.
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty