Informace o projektu
Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
- Kód projektu
- NR8967
- Období řešení
- 1/2006 - 12/2009
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo zdravotnictví ČR
- Resortní program výzkumu a vývoje - MZ
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Lékařská fakulta
- prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
- Mgr. Petra Pospíšilová, Ph.D.
- prof. MUDr. Jan Šmarda, DrSc.
- Klíčová slova
- Treponema pallidum, srovnávací genomika, PCR diagnostika, nukleotidové polymorfismy
- Spolupracující organizace
-
Fakultní nemocnice U sv. Anny Brno
- Odpovědná osoba doc. MUDr. Vladana Woznicová, Ph.D.
- Odpovědná osoba Mgr. Monika Dvořáková Heroldová, Ph.D.
- Odpovědná osoba prof. MUDr. Miroslav Votava, CSc.
- Odpovědná osoba MUDr. Jana Račovská
Projekt předpokládá vyšetření desítek až set kmenů a izolátů pddruhu T. pallidum ssp. apllidum v hypervariabilních oblastech genomu. Rozdíly v těchto sekvencích budou použity pro identifikaci individuálních kmenů tohoto poddruhu.
Rozdíly v genomech kmenů a izolátů poddruhu T. pallidum ssp. pallidum budou zjišťovány po PCR amplifikaci sekvenací PCR produktů. Bude navržen zjednodušený protokol na identifikaci nejčastějších kmenů na základě PCR aplifikace a RFLP.
Publikace
Počet publikací: 90
2010
-
Najvirulentnější zástupca rodu Treponema - Treponema pallidum subsp. pallidum DAL-1 a jeho celogenómová sekvencia.
Rok: 2010, druh: Účelové publikace
-
Srovnání genomů původců yaws a syfilis.
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
Treponema pallidum: celogenomové rozdíly mezi poddruhy pallidum a pertenue.
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
Určení genomové sekvence Treponema pallidum subsp. pallidum kmene Mexico A pomocí metody Solexa.
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
Whole genome fingerprinting of 8 strains from the genus Treponema.
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
2009
-
Celogenomové restrikční mapování u zástupců rodu Treponema.
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Detekce původce syfilis Treponema pallidum ssp. pallidum v klinickém materiálu pomocí nested PCR rekce.
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Detekce Treponema pallidum subsp. pallidum v klinickém materiálu.
Rok: 2009, druh: Další prezentace na konferencích
-
Diagnostika původce syfilis Treponema pallidum ssp. pallidum v klinickém materiálu pomocí nested PCR reakce.
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Komparativní analýza genomů Treponema pallidum subspecies pertenue a Treponema pallidum subspecies pallidum.
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty