Variabilita viru SARS-CoV-2 a sledování privátních mutací pomocí NGS
| Title in English | Variability SARS-CoV-2 and private mutation detection by NGS |
|---|---|
| Authors | |
| Year of publication | 2022 |
| Type | Appeared in Conference without Proceedings |
| Citation | |
| Description | Úvod V prosinci 2019 byl v čínském Wuhanu poprvé zaznamenán výskyt viru SARS-CoV-2 a již v březnu 2020 bylo rozšíření viru označeno Světovou zdravotnickou organizací jako pandemie. Virus se celosvětově rozšířil kvůli své vysoké infekčnosti a patogenitě. Postupem času se ukázalo, že má velkou schopnost mutovat a vytvářet různé klinicky a epidemiologicky významné varianty (VOC, Variants Of Concern). Cíl Cílem práce bylo ukázat variabilitu námi sekvenovaných kmenů SARS-CoV-2 a rovněž poukázat na vyvíjející se taxonomii a nomenklaturu viru. Dalším cílem bylo srovnání našich kmenů s kmeny zachycenými ve Velké Británii se zaměřením na privátní mutace viru. Metodika Kmeny byly izolovány pomocí izolačního kitu 96A Viral RNA Auto Extraction & Purification Kit (Ethanol-Free) (3DMed Diagnostics), sekvenační knihovna byla připravena pomocí kitů firmy Illumina. Sekvenování bylo provedeno v přístroji MiSeq (Illumina). Výsledky byly analyzovány za pomoci software pro detekci a sledování SARS-CoV-2 BaseSpace Sequence Hub, na platformě Illumina DRAGEN Bio-IT. Výsledky Od ledna 2022 dominovala varianta nazvaná Omicron. Zpočátku jsme detekovali její nejrozšířenější subvariantu BA.1 a její další linie. V reálném čase jsme zaznamenali rozšíření subvarianty BA.2 a jejích linií, která velmi rychle vytlačila subvariantu BA.1 a v současné době dominuje. V krátkém časovém úseku jsme zaznamenali vysoký počet změn virového genomu, včetně vzniku rekombinantní varianty. Závěr Konkrétně jsme se zaměřili na srovnání středoevropských mutací s mutacemi detekovanými ve Velké Británii, srovnali jsme stejné období a stejný počet vzorků, přičemž jsme zjišťovali výskyt unikátních mutací v naší populaci. Jako první v ČR jsme zachytili rekombinantní variantu BA.XJ jejíž nomenklatura se v mezinárodních databázích dynamicky mění. |