Projekt se zaměřuje na zkoumání evolučních a ekologických procesů, které formují strukturu, funkci a stabilitu přírodních společenstev. Na jeho řešení se podílí 11 akademických pracovníků a 18 doktorandů z oborů zoologie, botaniky a ekologie. Mezioborový přístup spočívá v propojení výzkumu biodiverzity a ekologických vazeb mezi rostlinami a živočichy s evoluční, fylogenetickou a makroekologickou perspektivou. Cílem je porozumět mechanismům koexistence druhů a jejich adaptacím v kontextu globálních environmentálních změn.
Hlavní výzkumné oblasti zahrnují studium fylogenetické a funkční diverzity, vliv selekce a geografických bariér na evoluci, ekologii parazitů a poloparazitů, časové změny diverzity ekosystémů a dopady antropogenních vlivů na biodiverzitu a stabilitu společenstev. Projekt kombinuje moderní analytické a genetické metody s terénními daty a experimentálními přístupy. Výsledky přispějí k hlubšímu porozumění obecným biologickým principům a zároveň nabídnou praktické využití v oblasti ochrany přírody a managementu ohrožených ekosystémů.