Výzkum evolučně-ekologických systémů a vzájemných interakcí tvoří klíčovou oblast doktorských prací na Ústavu botaniky a zoologie. Navrhovaného projektu se zúčastní 14 akademických pracovníků, kteří školí studenty doktorského programu v oborech Zoologie, Botanika a Ekologie. Projektu se účastní dále 27 studentů doktorského studia. Mezioborovost témat doktorských prací se zaměřuje zejména na ekologické vazby, které kombinují klasický biodiverzitní a funkční výzkum rostlinných a živočišných společenstev, makroekologická a genetická studia, a behaviorální výzkum. Výstupy projektu přispívají k hlubšímu porozumění obecným biologickým mechanismům, které platí pro biologickou rozmanitost jako celek, a to v široce aplikovatelném kontextu.
Interdisciplinární přístup umožňuje integraci tradičních a moderních výzkumných metod s využitím pokročilých technologií. Hlavní témata, která jsou podrobně zkoumána jednotlivými pracovními skupinami, zahrnují: 1) vliv selekce a geografických bariér na adaptivní radiaci, 2) fylogeografické a evoluční historie, 3) evoluční ekologii parazitů u živočichů a poloparazitických rostlin, 4) mechanismy koexistence druhů v ekosystémech a jejich schopnost adaptace a odolnosti v kontextu globálních environmentálních změn, 5) analýzu změn diverzity ekosystémů, 6) studium komplexních ekologických faktorů a jejich vliv na fylogenetickou a funkční diverzitu společenstev, 7) posouzení vztahů v terestrických ekosystémech na krajinné a globální (makroekologické) úrovni s modelovými skupinami představujícími různé trofické úrovně (jako jsou hlodavci, houby, terestrické řasy a měkkýši) a 8) analýzu antropogenních hrozeb pro vybrané zoologické a rostlinné modely.
Tato výzkumná témata se opírají o různorodé metodické přístupy, některé z nich mají i aplikované přesahy, jako například studium dynamiky areálů rozšíření bioindikačních druhů v kontextu managementu ohrožených biotopů či antropizace krajiny, a vztahují se k hospodářsky významným škůdcům nebo lidským patogenům.
Výsledky projektu mají charakter základního výzkumu a budou publikovány v odborných časopisech a prezentovány na mezinárodních konferencích.