Project information
Vývoj modulární bioinformatické platformy pro analýzu dat získaných sekvenováním nové generace

Information

This project doesn't include Faculty of Medicine. It includes Central European Institute of Technology. Official project website can be found on muni.cz.

Project Identification

TJ02000133

Project Period

5/2019 - 4/2021

Investor / Pogramme / Project type

Technology Agency of the Czech Republic

ZÉTA

MU Faculty or unit

Central European Institute of Technology

Cooperating Organization

HPST, s.r.o.

Responsible person RNDr. Zbyněk Halbhuber, Ph.D.
Responsible person Mgr. Tomáš Hron, Ph.D.

Our main goal is to establish a comprehensive NGS panel simultaneously analyzing gene mutations, copy number variations and antigen receptor rearrangements occurring in haematological malignancies and consequently to create a versatile bioinformatic tool for regular laboratory users. Using modern trends in user interface and user experience design, we aim to create an easy-to-use platform for routine application.

Publications

Total number of publications: 11

2021

Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX

REIGL Tomáš PORC Jakub Paweł PÁL Karol HYNŠT Jakub HRON Tomáš DARZENTAS Nikos NAVRKALOVÁ Veronika PLEVOVÁ Karla

Year: 2021
LYNX (Lymphoid next-generation sequencing): NGS panel a bioinformatic tool for integrative analysis of prognostic and predictive markers in B-cell malignancies.

NAVRKALOVÁ Veronika REIGL Tomáš PLEVOVÁ Karla HYNŠT Jakub PÁL Karol PORC Jakub Paweł MAREČKOVÁ Andrea JELÍNKOVÁ Hana DOUBEK Michael POSPÍŠILOVÁ Šárka

Conference abstract

Year: 2021, type: Conference abstract
LYNX (Lymphoid next-generation sequencing): NGS panel a bioinformatický nástroj pro integrativní analýzu prognostických a prediktivních markerů B-buněčných lymfoproliferací.

NAVRKALOVÁ Veronika PLEVOVÁ Karla REIGL Tomáš HYNŠT Jakub PÁL Karol PORC Jakub Paweł MAREČKOVÁ Andrea JELÍNKOVÁ Hana JANÍKOVÁ Andrea DOUBEK Michael POSPÍŠILOVÁ Šárka

Conference abstract

Year: 2021, type: Conference abstract
LYNX: an interactive bioinformatic tool for capture-based next-generation sequencing data analysis in lymphoid malignancies.

REIGL Tomáš NAVRKALOVÁ Veronika HYNŠT Jakub PORC Jakub Paweł PÁL Karol HRON Tomáš DARZENTAS Nikos POSPÍŠILOVÁ Šárka HALBHUBER Z. PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2021, type: Conference abstract

2020

Capture-based NGS panel for detection of immunoglobulin and T-cell receptor gene rearrangements in DNA samples from patients with acute lymphoblastic leukemia

JELÍNKOVÁ Hana NAVRKALOVÁ Veronika PLEVOVÁ Karla PORC Jakub Paweł HYNŠT Jakub PÁL Karol REIGL Tomáš DARZENTAS Nikos DOUBEK Michael ŽENATOVÁ Marcela MAREČKOVÁ Andrea POSPÍŠILOVÁ Šárka

Conference abstract

Year: 2020, type: Conference abstract
High throughput sequencing data analysis of IG/TR rearranged genes in leukemie clinical research.

REIGL Tomáš PORC Jakub Paweł STRÁNSKÁ Kamila PÁL Karol NAVRKALOVÁ Veronika HYNŠT Jakub BYSTRÝ Vojtěch POSPÍŠILOVÁ Šárka DARZENTAS Nikos PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2020, type: Conference abstract
LYNX – modulární bioinformatický nástroj s uživatelským rozhraním pro analýzu NGS da u pacientů s hematologickými malignitami

REIGL Tomáš NAVRKALOVÁ Veronika HYNŠT Jakub PORC Jakub Paweł PÁL Karol HRON T. HALBHUBER Z. POSPÍŠILOVÁ Šárka DARZENTAS Nikos PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2020, type: Conference abstract
LYNX (Lymphoid NGS): a versatile NGS panel for comprehensive analysis of molecular markers with clinical relevance in lymphoproliferative disorders

NAVRKALOVÁ Veronika HYNŠT Jakub PLEVOVÁ Karla PÁL Karol REIGL Tomáš PORC Jakub Paweł DARZENTAS Nikos MAREČKOVÁ Andrea JELÍNKOVÁ Hana ŽENATOVÁ Marcela PAVLOVÁ Šárka KOTAŠKOVÁ Jana POSPÍŠILOVÁ Šárka

Conference abstract

Year: 2020, type: Conference abstract
LYNX (Lymphoid NGS): Komplexní NGS panel pro analýzu prognostických a prediktivních markerů B-buněčných lympfoproliferací

NAVRKALOVÁ Veronika HYNŠT Jakub PÁL Karol PLEVOVÁ Karla REIGL Tomáš DARZENTAS Nikos MAREČKOVÁ Andrea JELÍNKOVÁ H. POSPÍŠILOVÁ Šárka

Conference abstract

Year: 2020, type: Conference abstract

2019

LYNX (Lymphoid NGS): Komplexní NGS panel pro analýzu prognostických a prediktivních markerů B-buněčných lymfoprolyferací.

NAVRKALOVÁ Veronika HYNŠT Jakub PÁL Karol PLEVOVÁ Karla REIGL Tomáš DARZENTAS Nikos ŽENATOVÁ Marcela MAREČKOVÁ Andrea JELÍNKOVÁ Hana POSPÍŠILOVÁ Šárka

Conference abstract

Year: 2019, type: Conference abstract