Project information
Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů
- Project Identification
- GA15-11089S
- Project Period
- 1/2015 - 12/2017
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
- Faculty of Informatics
Současné problémy mezioborové disciplíny výpočetní systémové biologie vyžadují nasazení pokročilých nástrojů informatiky, zejména formálních metod. Tento fakt je motivován potřebou výpočetní analýzy těžko predikovatelných emergentních chování komplexních biologických systémů. Odhad kinetických konstant a jiných parametrů modelu tvoří nedílnou součást typického výzkumu v systémové biologii. Přímé měření parametrů pomocí tzv. mokrých experimentů je často obtížné nebo dokonce i nemožné. Navrhovaný projekt si klade za cíl vyvinout zcela nové automatizované techniky pro odhadování parametrů, které jsou založeny na vyladění modelu pro zadanou hypotézu formulovanou v temporální logice. Navrhovaný přístup staví na využití metody ověřování modelů, která je využivána pro formální verifikaci počítačových systémů. Velký důraz bude kladen i na dosažení škálovatelnosti pomocí paralelních algoritmů.
Publications
Total number of publications: 36
2020
-
Executable Biochemical Space for Specification and Analysis of Biochemical Systems
Year: 2020, type: Appeared in Conference without Proceedings
2019
-
Barbaric Robustness Monitoring Revisited for STL* in Parasim
Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2019), year: 2019
-
Comprehensive Modelling Platform
Year: 2019, type: Appeared in Conference without Proceedings
-
Parameter space abstraction and unfolding semantics of discrete regulatory networks
Theoretical Computer Science, year: 2019, volume: 765, edition: April, DOI
2018
-
E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria
Year: 2018, type: Appeared in Conference without Proceedings
-
PITHYA
Year: 2018
-
Unfolding of Parametric Boolean Networks
Electronic Notes in Theoretical Computer Science, year: 2018, volume: 335, edition: Duben 2018, DOI
2017
-
BCSgen: Biochemical Space language software tool
Year: 2017
-
Biochemical Space: A framework for formal description and annotation of complex biological processes
Year: 2017, type: Appeared in Conference without Proceedings
-
Detecting Attractors in Biological Models with Uncertain Parameters
Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2017, year: 2017