Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 835
2007
-
Prediction of tryptic peptide retention times by means of soft modelling as a tool for liquid chromatography-mass spectrometry driven proteomics
Trends in Chromatography, rok: 2007, ročník: 3, vydání: -
-
Program for Analysis of Internal Motion in Molecular Dynamics Simulation
Konference mladých vědeckých pracovníků "Strukturní biofyzika makromolekul", rok: 2007
-
Protein Engineering and Molecular Modeling 'IN CAPSULE' - Computer-Assisted Prediction of SUgar-LEctin INteractions. Structure-functional and computational study of bacterial lectin PA-IIL
International Congress of Young Chemists YoungChem 2007, rok: 2007
-
Proteomics: Technology, science, or a thing of future?
1st Central and Eastern European Proteomic Conference and 3rd Czech Proteomic Conference, rok: 2007
-
Purification and some properties of thiosulfate dehydrogenase from Acidithiobacillus ferrooxidans
Preparative Biochemistry & Biotechnology, rok: 2007, ročník: 37, vydání: 4
-
Purine derivatives: Substituent effects as monitored by NMR
Rok: 2007, druh: Konferenční abstrakty
-
Quaternary protoberberine alkaloids
Phytochemistry, rok: 2007, ročník: 68, vydání: 24, DOI
-
Rapid Characterization of Monoclonal Antibodies using the Piezoelectric Immunosensor
Sensors, rok: 2007, ročník: 7, vydání: 3
-
Relationships between 31P Chemical Shift Tensors and Conformation of Nucleic Acid Backbobe: A DFT Study
Journal of Physical Chemistry B, rok: 2007, ročník: 111, vydání: 12
-
Review: Application of capillary electrophoresis in drug metabolism studies
Current Analytical Chemistry, rok: 2007, ročník: 3, vydání: 3