Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 835
2007
-
Structural basis of six bladed beta propeller lectins AAL and RSL
Materials and Structure in Chemistry, Biology,Physics and Technology, rok: 2007
-
Structure of Bombyx mori chemosensory protein 1 in solution
Archives of Insect Biochemistry and Physiology, rok: 2007, ročník: 66, vydání: 3
-
Strukturně funkční studie afinitních změn v lektin sacharidových systémech: počítačová chemie ve službách proteinového inženýrství
Chem. Listy 101, 425–465 (2007) - VII. Mezioborové setkání mladých biologů, biochemiků a chemiků, rok: 2007
-
Study of cryptogein recognition in plant defense reaction.
FEBS Journal, rok: 2007
-
Study of recombinant cytochrome P450 2C9 activity with diclofenac by micellar electrokinetic capillary chromatography
Electrophoresis, rok: 2007, ročník: 28, vydání: 8
-
Study of structure, dynamics and local elasticity of 16S rRNA Helix 44 using molecular dynamics methods.
Journal Of Biomolecular Structure and Dynamics, rok: 2007
-
Study of substrate inhibition by electrophoretically mediated microanalysis in partially filled capillary.
Journal of Chromatography A, rok: 2007, ročník: 1150, vydání: 1-2
-
Study of unusual RNA structures using molecular dynamics methods
Workshop on Modelling interactions in Biomolecules III, rok: 2007
-
Štúdium rannej fázy obrannej reakcie tabaku vyvolanej elicitínmi
Rok: 2007, druh: Konferenční abstrakty
-
The application of MALDI MS whole-cell profiles of the genus Pseudomonas
Rok: 2007, druh: Konferenční abstrakty