Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 835
2013
-
CH-pi Interaction between Carbohydrates and Aromatic Moieties: Electron Density Issue
Rok: 2013, druh: Konferenční abstrakty
-
Toward Reproducing Sequence Trends in Phosphorus Chemical Shifts for Nucleic Acids by MD/DFT Calculations
Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2013, ročník: 9, vydání: 3, DOI
2012
-
2D-PAGE Database for Studies on Energetic Metabolism of the Denitrifying Bacterium Paracoccus denitrificans
INTEGRATIVE PROTEOMICS / Book 2, rok: 2012, počet stran: 16 s.
-
Biotinylation of quantum dots for application in fluoroimmunoassays with biotin-avidin amplification
Microchimica Acta, rok: 2012, ročník: 176, vydání: 3-4, DOI
-
Dual roles of the SUMO-interacting motif in the regulation of Srs2 sumoylation.
Nucleic Acids Research, rok: 2012, ročník: 40, vydání: 16, DOI
-
Electrochemical Immunosensor Coupled to Cyclone Air Sampler for Detection of Escherichia coli DH5 alpha in Bioaerosols
Electroanalysis, rok: 2012, ročník: 24, vydání: 3, DOI
-
Exploring the Nature of Carbohydrate-Aromatic Dispersion Interactions via Sophisticated Computational Chemistry Tools
Rok: 2012, druh: Konferenční abstrakty
-
Free energy calculation in lectin/saccharide complexes
Rok: 2012, druh: Konferenční abstrakty
-
In Silico Engineering of Proteins that Recognize Small Molecules
Protein Engineering, rok: 2012, počet stran: 38 s.
-
Influence of stereochemistry on proton transfer in protonated tripeptide models
Journal of Molecular Modeling, rok: 2012, ročník: 18, vydání: 3, DOI