Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 835
2007
-
Multichannel SPR biosensor for detection of endocrine-disrupting compounds
Analytical and Bioanalytical Chemistry, rok: 2007, ročník: 389, vydání: 6
-
Mutagenesis of PA-IIL and related affinity changes - molecular modeling in service of protein engineering
Konference Grantové Agentury České republiky - Strukturní biofyzika makromolekul II., rok: 2007
-
Nahlédnutí do struktury a funkce lektinu RS20L z bakteriálního fytopatogenu Ralstonia solanacearum
Chem. Listy 101, 425–465 (2007) - VII. Mezioborové setkání mladých biologů, biochemiků a chemiků, rok: 2007
-
Neurobiologie hyperkinetické poruchy
Česká a slovenská psychiatrie, rok: 2007, ročník: 103, vydání: 1
-
New approaches to structure and function studies of RS20L lectin from Ralstonia solanacearum
14th European Carbohydrate Symposium, EUROCARB 14, rok: 2007
-
New approaches to structure and function studies of RS20L lectin from Ralstonia solanacearum
Materials Structure, vol. 14, no. 1 (2007), 6th Discussions in Structural Molecular Biology, rok: 2007
-
Novel 13C-detected Experiments for Nucleic Acids
11th Chianti Workshop on Magnetic Resonance, rok: 2007
-
P-31 Chemical Shift Tensors in RNA and DNA Backbone. A DFT Study of Conformational Dependence and Its Implications for NMR Studies.
Rok: 2007, druh: Konferenční abstrakty
-
Partially O-Alkylated thiacalix[4]arenes: Synthesis, molecular and crystal structures, conformational behavior
Journal of Organic Chemistry, rok: 2007, ročník: 72, vydání: 19
-
Photochromism of phenoxynaphthacenequinones: diabatic or adiabatic phenyl group transfer?
PHOTOCHEMICAL & PHOTOBIOLOGICAL SCIENCES, rok: 2007, ročník: 6/2007, vydání: 5