Project information
Host microbiome in relation to Barrett ´s esophagus and esophageal adenocarcinoma development
- Project Identification
- NU20-03-00126
- Project Period
- 5/2020 - 12/2023
- Investor / Pogramme / Project type
-
Ministry of Health of the CR
- Ministry of Health Research Programme 2020 - 2026
- Subprogram 1 - standard
- MU Faculty or unit
- Faculty of Medicine
- Other MU Faculty/Unit
- Central European Institute of Technology
- Cooperating Organization
-
University Hospital Olomouc
- Responsible person Doc. MUDr. Ondřej Urban, Ph.D.
- Responsible person MUDr. Tomáš Haruštiak, Ph.D.
- Responsible person prof. MUDr. Robert Lischke, Ph.D.
- Responsible person Štěpán Hlava
- Responsible person doc. MUDr. Jiří Dolina, Ph.D.
- Responsible person doc. MUDr. Vladimír Procházka, Ph.D.
- Responsible person prof. MUDr. Zdeněk Kala, CSc.
- Responsible person doc. MUDr. Radek Kroupa, Ph.D.
- Responsible person MUDr. Tomáš Grolich, Ph.D.
- Responsible person doc. MUDr. Lumír Kunovský, Ph.D.
- Responsible person Zdeněk Pavlovský
Hostitelský mikrobiom spolu s genetickou predispozicí jedince jsou důležitými faktory
v etiopatogenezi refluxní choroby jícnu (GERD), která významně zvyšuje riziko rozvoje ezofagitidy (RE), Barrettova jícnu (BE) a adenokarcinomu ezofagu (EAC). Cílem projektu je determinace markerů na úrovni mikrobiomu, genů hostitele a jejich interakcí pro časnější diagnostiku a predikci rozvoje BE a EAC.
Projekt obsahuje 3 části: (1) analýzu metagenomu a metatranskriptomu v několika lokalitách
gastrointestinálního traktu (GIT) u pacientů s GERD, (2) analýzu hostitelského exomu a transkriptomu ve tkáni jícnu u pacientů s BE/EAC, a (3) analýzu genetického profilu pacientů s GERD a jeho komplikacemi. Mutace v exomu/genomu pacienta a míra exprese genů ve tkáni jícnu budou korelovány s mikrobiomem a jeho funkční aktivitou v GITu a klinickým nálezem doplněným o in vivo endomikroskopii.
Na základě získaných dat se pokusíme navrhnout modifikaci standardního režimu péče o pacienty s GERD s cílem předejít pokročilým a ireverzibilním změnám snižujícím kvalitu života pacientů, resp. ohrožujících je na životě.
Sustainable Development Goals
Masaryk University is committed to the UN Sustainable Development Goals, which aim to improve the conditions and quality of life on our planet by 2030.
Publications
Total number of publications: 30
2023
-
16S rRNA gene primer choice impacts off-target amplification in human gastrointestinal tract biopsies and microbiome profiling
Nature Scientific Reports, year: 2023, volume: 13, edition: 1, DOI
-
Asociace tkáňové exprese miR-196a s Barrettovým jícnem a adenokarcinomem jícnu
Year: 2023, type: Conference abstract
-
Association of CDX2 haplogenotype with risk of reflux esophagitis, Barrett´s esophagus, and esophageal adenocarcinoma development
Year: 2023, type: Conference abstract
-
Association of relative abundance of Helicobacteraceae in the stomach in patients with esophageal adenocarcinoma
Year: 2023, type: Conference abstract
-
Comparison of sequencing analyses targeting the V1/V2 and V3/V4 regions in the 16S rDNA gene – analysis of bacteriome in oral swabs and esophageal tissues
Year: 2023, type: Conference abstract
-
Microbiome and pharmacotherapy in patients with gastrointestinal disorders
Year: 2023, type: Conference abstract
-
Non-invasive approaches for esophageal microbiota analysis: a pilot study
Year: 2023, type: Conference abstract
-
The association between duration of and indications for proton pump inhibitor use and risk of gastric polyps
EUROPEAN JOURNAL OF GASTROENTEROLOGY & HEPATOLOGY, year: 2023, volume: 35, edition: 8, DOI
-
Transcriptomic analysis of esophageal tissues and potential biomarkers for differential diagnostics of Barrett´s mucosa and esophageal adenocarcinoma
Year: 2023, type: Conference abstract
-
Verification of diagnosis using CDX2 gene expression in esophageal fresh frozen tissue
Year: 2023, type: Conference abstract