Informace o projektu
Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů
(Biomarker)
- Kód projektu
- 2B06052
- Období řešení
- 7/2006 - 6/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Zdravý a kvalitní život
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Klíčová slova
- zpracování obrazu; optická mikroskopie; buněčné jádro; prostorové uspořádání; exprese genů; mikročipy; nádorová onemocnění; diagnostické markery
- Spolupracující organizace
-
Vysoké učení technické v Brně
- Odpovědná osoba doc. RNDr. Pavel Smrž, Ph.D.
- Odpovědná osoba Ing. Miloslav Richter, Ph.D.
Předmětem výzkumu budou nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s genomickými a proteomickými technikami značení a sledování vybraných součástí buňky pomohou při vytipování markerů, screeningu a časné diagnostice nádorových onemocnění. U těchto postupů zpracování obrazových dat se zaměříme nejen na kvalitu a robustnost, ale také na rychlost a na možnost vysokého stupně automatizace. Budou zkoumány možnosti zvýšení rychlosti bez snížení kvality mimo jiné pomocí hardwarové akcelerace vybraných metod zpracování obrazu pomocí speciálních počítačových karet. Zrychlení a automatizace anlýzy obrazů buněk a jejich součástí jsou nutnými předpoklady pro zvýšení množství zpracovaných buněk či pacientů a tím i počtu studií, statistické významnosti výsledků a pro umožnění zkoumání i řídkých jevů. Projekt bude realizován v úzké spolupráci mezi molekulárními biology a informatiky.
Výsledky
Cílem projektu je vyvinout nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s výzkumem genomických a proteomických technik pomohou s vytipováním markerů, screeningu a diagnostice nádorových onemocnění.
Publikace
Počet publikací: 121
2011
-
On Euclidean Metric Approximation via Graph Cuts
Computer Vision, Imaging and Computer Graphics. Theory and Applications., rok: 2011
-
Proliferation and differentiation potential of CD133+ and CD34+ populations from the bone marrow and mobilized peripheral blood
Annals of hematology, rok: 2011, ročník: 90, vydání: (2)
-
Quantification of Golgi Complex Assembly and Disassembly in LiveCell Fluorescence Microscopy Images
Proceedings of Workshop on Microscopic Image Analysis with Applications in Biology, rok: 2011
-
Recruitment and activation of a lipid kinase by hepatitis C virus NS5A is essential for integrity of the membranous replication compartment.
Cell Host & Microbe, rok: 2011, ročník: 9, vydání: 1, DOI
-
Simultaneous Tracking of Multiple Objects Using Fast Level Set-Like Algorithm
Sixth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science (Selected Papers), rok: 2011
-
The MEK inhibitor PD184352 enhances BMS-214662-induced apoptosis in CD34+ CML stem/progenitor cells
Leukemia, rok: 2011, ročník: 25, vydání: 7, DOI
-
Tool for Generation of Synthetic Image Datasets for Time-Lapse Fluorescence Microscopy
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
2010
-
A Fast Level Set-Like Algorithm for Region-Based Active Contours
6th International Symposium on Visual Computing, rok: 2010
-
A novel approach to evaluation of the spatial relationship of fluorescent signals in ImunnoFISH analysis of different kind.
Advances in Molecular and Cancer Biology, 2010, rok: 2010
-
A Simple Topology Preserving Max-Flow Algorithm for Graph Cut Based Image Segmentation
6th Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science, rok: 2010