Informace o projektu
Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů
(Biomarker)
- Kód projektu
- 2B06052
- Období řešení
- 7/2006 - 6/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Zdravý a kvalitní život
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Klíčová slova
- zpracování obrazu; optická mikroskopie; buněčné jádro; prostorové uspořádání; exprese genů; mikročipy; nádorová onemocnění; diagnostické markery
- Spolupracující organizace
-
Vysoké učení technické v Brně
- Odpovědná osoba doc. RNDr. Pavel Smrž, Ph.D.
- Odpovědná osoba Ing. Miloslav Richter, Ph.D.
Předmětem výzkumu budou nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s genomickými a proteomickými technikami značení a sledování vybraných součástí buňky pomohou při vytipování markerů, screeningu a časné diagnostice nádorových onemocnění. U těchto postupů zpracování obrazových dat se zaměříme nejen na kvalitu a robustnost, ale také na rychlost a na možnost vysokého stupně automatizace. Budou zkoumány možnosti zvýšení rychlosti bez snížení kvality mimo jiné pomocí hardwarové akcelerace vybraných metod zpracování obrazu pomocí speciálních počítačových karet. Zrychlení a automatizace anlýzy obrazů buněk a jejich součástí jsou nutnými předpoklady pro zvýšení množství zpracovaných buněk či pacientů a tím i počtu studií, statistické významnosti výsledků a pro umožnění zkoumání i řídkých jevů. Projekt bude realizován v úzké spolupráci mezi molekulárními biology a informatiky.
Výsledky
Cílem projektu je vyvinout nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s výzkumem genomických a proteomických technik pomohou s vytipováním markerů, screeningu a diagnostice nádorových onemocnění.
Publikace
Počet publikací: 121
2011
-
Endonuclease G interacts with histone H2B, AIF, and DNA topoisomerase II alpha during apoptosis as revealed by FRET analysis of living cells
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Fast Anisotropic Filtering and Performance Evaluation Tool for Optical Flow in Biomedical Image Analysis
Rok: 2011, druh: Účelové publikace
-
Fast Tracking Algorithm of GFP-Transfected Living Cells Based on the Chan-Vese Model
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Generation of 3D Digital Phantoms of Colon Tissue
Proceedings of 8th International Conference on Image Analysis and Recognition, rok: 2011
-
Human embryonic stem cells suffer from centrosomal amplification
Stem Cells, rok: 2011, ročník: 29, vydání: 1, DOI
-
Image Division Technique in Pre-acquisition Analysis of Information Content for Automated Microscopy
Journal of Microscopy, rok: 2011, ročník: 242, vydání: 3, DOI
-
Interaction of endonuclease G with histone H2B, AIF, and DNA topoisomerase II alpha during apoptosis as revealed by FRET imaging of living cells
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Micro axial tomography: A miniaturized, versatile stage device to overcome resolution anisotropy in fluorescence light microscopy
Rev. Sci. Instrum., rok: 2011, ročník: 82, vydání: 9
-
Multiple myeloma patients at peripheral blood stem cell harvest: restricted usage of TCR beta variable families
Clinical Immunology, rok: 2011, ročník: 138, vydání: 1, DOI
-
Normalizing for Individual Cell Population Context in the Analysis of High-Content Cellular Screens
BMC Bioinformatics, rok: 2011, ročník: 12, vydání: 485