Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 835
2005
-
Structure and dynamics of sarin-inhibited acetylcholinesterase
Strukturní biofyzika makromolekul, rok: 2005
-
Study of Enzymes by means of capillary electrophoresis (Lecture)
Sborník konference "Chiranal 2005", rok: 2005
-
STUDY OF STRUCTURE AND DYNAMICS OF RIBOSOMAL HELIX 44 USING MOLECULAR DYNAMICS METHODS
Workshop on Modelling interactions in Biomolecules II, rok: 2005
-
Synthesis, spectral study and cytotoxicity of platinum(II) complexes with 2,9-disubstituted-6-benzylaminopurines
Journal of Inorganic Biochemistry, rok: 2005, ročník: 99, vydání: 11
-
The Electrodeless Discharge Lamp: A Prospective Tool for Photochemistry Part 5: Fill Material-Dependent Emission Characteristics
Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry, rok: 2005, ročník: 171, vydání: 1
-
The Electrodeless Discharge Lamp: A Prospective Tool for Photochemistry Part 6: Photochemistry of Valerophenone and 4-Nitroanisole in High-Temperature Water
Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry, rok: 2005, ročník: 172, vydání: 2
-
The fucose-binding lectin from Ralstonia solanacearum: a new type of beta-propeller architecture formed by oligomerisation and interacting with fucoside, fucosyllactose and plant xyloglucan
Journal of Biological Chemistry, rok: 2005, ročník: 280, vydání: 30
-
The Mechanism of Inhibition of the Cyclin-Dependent Kinase-2 as Revealed by the Molecular Dynamics Study on the Complex CDK2 with the Peptide Substrate HHASPRK
Protein Science, rok: 2005, ročník: 14, vydání: 2
-
Theoretical and experimental NMR study of protopine hydrochloride isomers
Magnetic Resonance in Chemistry, rok: 2005, ročník: 43, vydání: 1
-
TRITON: graphic software for modelling protein mutants and calculation reaction pathways
Materials Structure in Chemistry, Biology, Physics and Technology, rok: 2005