Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 835
2006
-
Modification of Trypsin for Improvement of Its Stability in Protein Digestion Process
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Molecular biology of ADHD: an association study of DAT1, DRD2, DRD4, COMT and MAOB gene polymorphisms with hyperactive disorder in children
3rd International Biology Students Conference 2006, April 6.-9. 2006, rok: 2006
-
Molecular dynamics simulations of nucleic acids: MD simulations of G-DNA and functional RNAs
Challenges and advances in computational chemistry and physics. Computational studies of RNA and DNA, rok: 2006, počet stran: 26 s.
-
Molecular dynamics simulations of sarcin-ricin rRNA motif
Nucleic Acids Research, rok: 2006, ročník: 34, vydání: 2
-
Molecular dynamics study of major urinary protein-pheromone interactions: A structural model for ligand-induced flexibility increase
FEBS Letters, rok: 2006, ročník: 580, vydání: 1
-
Molecular interactions in nucleic acids
Senior research fellows' meeting, rok: 2006
-
Molecular modelling of glycosyltransferases
Glycobiology Protocols, rok: 2006, počet stran: 12 s.
-
Mycobacteria as a Source of Haloalkane Dehalogenases: Identification of the Catalytic Pentad within the Structure of DhmA from Mycobacterium avium N85.
Rok: 2006, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
NMR Distance Restraints At Low Temperatures: Application To DNA Hairpin
International school on High field NMR spectroscopy for solids and liquids, rok: 2006
-
NMR experiments for detection of quaternary carbons in nucleic acid bases.
8th Central European NMR Symposium, rok: 2006