Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 835
2006
-
Biosorption of heavy metals by Pseudomonas putida cells
Environmental changes and biological assessement, rok: 2006
-
Budoucí možnosti genové terapie bolesti
Neurologie pro praxi, rok: 2006, ročník: 2006, vydání: 2
-
Cations and Hydration in Catalytic RNA: Molecular Dynamics of the Hepatitis Delta Virus Ribozyme
Biophysical Journal, rok: 2006, ročník: 91, vydání: -
-
CAVER: A New Tool to Explore Routes from Protein Clefts, Pockets and Cavities
BMC BIOINFORMATICS, rok: 2006, ročník: 7, vydání: 7
-
Computer-assisted Directed Evolution of Haloalkane Dehalogenase DhaA Towards Degradation of 1,2,3-Trichloropropane
Rok: 2006, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
Conformational Dependence of 31P Chemical Shift Tensors
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Determination of cyanide in microliter samples by CE using on-capillary enzymatic reaction with rhodanese
Journal of Chromatography A, rok: 2006, ročník: 1120, vydání: 1-2
-
Determination of enzymatic activity by capillary electrophoresis (review).
Journal of Chromatography B, rok: 2006, ročník: 841, vydání: 1-2
-
Development of a combined setup for simultaneous detection of total and glycated haemoglobin content in blood samples
Biosensors & Bioelectronics, rok: 2006, ročník: 21, vydání: 10
-
Development of a microtiter plate-based method for determination of degradation profile of nitrophenolic compounds
Journal of Microbiological Methods, rok: 2006, ročník: 65, vydání: 3