Informace o projektu
Mapování výskytu makrolidové rezistence původce syfilis v ČR a molekulární typizace jednotlivých syfilitických kmenů
- Kód projektu
- NT11159
- Období řešení
- 9/2010 - 12/2014
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo zdravotnictví ČR
- Resortní program výzkumu a vývoje - MZ III. na léta 2010 - 2015 (IGA)
- Fakulta / Pracoviště MU
- Lékařská fakulta
- Spolupracující organizace
-
Státní zdravotní ústav Praha 10 - Vinohrady
- Odpovědná osoba Ing. Jana Kalinová, Ph.D.
Celogenomová sekvenace několika kmenů Treponema pallidum (TP, t.j. kmenů
Nichols, SS14, Mexico A a DAL-1) umožnila vývoj vysoce specifické PCR
diagnostiky TP. PCR detekce treponemální DNA umožňuje identifikovat
kmenově specifické genomové sekvence a také geneticky vyšetřovat citlivost
na některá antibiotika. Cílem projektu je sběr klinických vzorků z ČR a to
zejména anogenitálních stěrů a vzorků plné krve. Z těchto vzorků budeme
izolovat treponemální DNA, kterou budeme po amplifikaci sekvenovat (ve
variabilních chromosomálních lokusech). Navíc budeme molekulárně
biologicky určovat rezistenci k makrolidovým antibiotikům a klindamycinu.
Sekvence získané z různých izolátů TP budou srovnány a profil
jednonukleotidových záměn, delecí a inzercí bude využit pro shlukovací
analýzu treponemálních izolátů a pro epidemiologické účely. Dále budeme
vyvíjet rychlejší a levnější diagnostické testy pro molekulární typizaci
původce syfilis.
Publikace
Počet publikací: 24
2013
-
Comparison of CDC and sequence-based molecular typing of syphilis treponemes: tpr and arp loci are variable in multiple samples from the same patient
BMC Microbiology, rok: 2013, ročník: 13, vydání: 178, DOI
-
Is there a difference between hare syphilis and rabbit syphilis? Cross infection experiments between rabbits and hares
Veterinary Microbiology, rok: 2013, ročník: 164, vydání: 1-2, DOI
-
Resequencing of Treponema pallidum ssp. pallidum Strains Nichols and SS14: Correction of Sequencing Errors Resulted in Increased Separation of Syphilis Treponeme Subclusters
PloS ONE, rok: 2013, ročník: 8, vydání: 9, DOI
-
Structure of rrn operons in pathogenic noncultivable treponemes: sequence but not genomic position of intergenic spacers correlates with classification of Treponema pallidum and Treponema paraluiscuniculi strains
Journal of Medical Microbiology, rok: 2013, ročník: 62, vydání: 2, DOI
-
Whole Genome Sequence of the Treponema Fribourg-Blanc: Unspecified Simian Isolate Is Highly Similar to the Yaws Subspecies
PLOS Neglected Tropical Diseases, rok: 2013, ročník: 7, vydání: 4, DOI
2012
-
Genetic diversity in Treponema pallidum: Implications for pathogenesis, evolution and molecular diagnostics of syphilis and yaws
Infection, Genetics and Evolution, rok: 2012, ročník: 12, vydání: 2, DOI
-
Sequencing-based Molecular Typing of Treponema pallidum Strains in the Czech Republic: All Identified Genotypes are Related to the Sequence of the SS14 Strain
Acta Dermato-Venereologica, rok: 2012, ročník: 92, vydání: 6, DOI
-
Whole Genome Sequence of Treponema pallidum ssp. pallidum, Strain Mexico A, Suggests Recombination between Yaws and Syphilis Strains
PLOS Neglected Tropical Diseases, rok: 2012, ročník: 6, vydání: 9, DOI
2011
-
Bacteriocin genes among E. coli strains: the incidence depends on genotype and phenotype of E. coli strains
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Molecular detection and typing of Treponema pallidum ssp. pallidum in clinical samples based on sequencing of TP0136, TP0548 and 23S rRNA genes
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty