Příprava specifických sond pro detekci profágů seroskupin A, B a F v lyzogenních kmenech Staphylococcus aureus
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2000 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | 4th Workshop of Biochemists and Molecular Biologists. Biochemistry and molecular biology on the threshold of a new century |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Popis | Na základě kvantitativní HindIII-restrikční analýzy genomové DNA byla stanovena genetická příbuznost bakteriofágů S. aureus mezinárodní standardní řady. Fágy byly rozděleny do pěti klastrů označených A, F, Ba, Bb a Bc. Klastry A a F obsahují všechny fágy seroskupin A a F a odpovídají fágovým druhům 3A a 77 navrženým Ackermanem a DuBowen (1987). Fágy seroskupiny B byly rozděleny do tří samostatných klastrů (Ba, Bb a Bc), které se významně liší svými restrikčními spektry, což svědčí o jejich příslušnosti k více fágovým druhům. Pomocí hybridizační analýzy byly identifikovány společné HindIII-restrikční fragmenty specifické pro každou z fágových seroskupin A, B a F. Z restrikčních fragmentů fága 3A (1700 bp), fága 53 (4060 bp) a fága 77 (8300 bp) byly připraveny specifické sondy umožňující detekci profágů příslušných seroskupin v lyzogenních kmenech S. aureus. Vysoká účinnost sond byla prověřena u experimentálně připravených lyzogenních kmenů, u nichž se podařilo identifikovat až tři různé profágy. Pomocí odlišné barevné vizualizace sond lze přítomnost profágů jednotlivých seroskupin dokázat v daném lyzogenním kmeni v jediném hybridizačním experimentu. Byly sestrojeny restrikční mapy DNA fágů 3A, 53 a 77 reprezentující jednotlivé seroskupiny. Restrikční mapy fágů 3A a 77 jsou lineární, zatímco mapa fága 53 je kružnicová, s cirkulární permutací. DNA všech fágů seroskupin A a F mají kohezní konce. Velikost genomové DNA fágů mezinárodní řady stanovená pulzní gelovou elektroforézou se pohybuje v rozmezí 41.5 - 46.2 kb. Na restrikčních mapách byla stanovena místa odpovídající sekvencím sond. Příprava specifických sond značně usnadňuje stanovení přítomnosti profágů u klinických kmenů S. aureus a umožňuje využít tohoto důležitého znaku k jejich vzájemnému odlišení (typizaci). |
| Související projekty: |