Genome assembly and annotation for red clover (Trifolium pratense; Fabaceae)
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2014 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | American Journal of Botany |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Doi | http://dx.doi.org/10.3732/ajb.1300340 |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | assessment of assembly software; de novo assembly; Fabaceae; genome annotation; red clover; Trifolium pratense |
| Popis | Jetel luční (Trifolium pratense ) je důležitá pícnina ze skupiny leguminóz, s velkým významem pro zemědělství a výživu zvířat. Skládání sekvencí jeho genomu střední velikosti je důležitým úkolem z hlediska nalezení vhodného softwaru a hardwaru. Technika sekvenování nové generace umožňuje tvorbu velkého množství sekvenačních dat za nízkou cenu. V této práce jsou prezentovány výsledky skládání genomu jetele lučního a charakteristiky tohoto genomu. Software pro assembly byl hodnocen pomocí dat z blízce příbuzného druhu s cílem najít nejlepší kombinaci assembleru a programu pro korekci chyb. Nově osekvenovaný genom jetele lučního byl charakterizován z hlediska obsahu repeticí, počtu genů kódujících proteiny a nekódujících genů, genových rodin a jejich funkcí. Charakteristiky genomu byly porovnány s dalšími osekvenovanými genomy rostlin. Abyss a Echo byly využity pro de novo assembly genomu jetele lučního, která zahrnuje ~314.6 Mbp. Na rozdíl od jiných leguminóz s porovnatelnými genomy, obsahuje genom jetele lučního velký podíl repeticí a více retrotranspozonů a DNA transpozonů. Celkem bylo anotováno 47 398 genů kódujících proteiny z 64 761 predikovaných genů. Srovnávací analýza identifikovala několik genových rodin, které jsou characteristické pro T. pratense. Byly identifikovány geny rezistence, geny pro leghemoglobin a pro specifické peptidy hlízek. Genomická data jetele lučního jsou zdrojem pro zlepšování genomu prostřednictvím molekulárního šlechtění a pro srovnání s dalšími osekvenovanými druhy rostlin. |
| Související projekty: |