Původní, avšak ustupující, biotopy evropské krajiny slouží jako významný přírodní zdroj, jsou důležité pro zachování biogenofondu a diverzity krajiny, jsou významným genetickým a environmentálním archívem a plní řadu ekosystémových funkcí souvisejících s koloběhy prvků a vody. Jsou na jednu stranu utvářeny dlouhodobými procesy, operujícími na fylogenetické a kvartérní škále, na druhou stranu se v současnosti rychle mění během antropogenních globálních změn. Současné rozšíření, fungování a druhové složení našich biotopů není často možné vysvětlit bez znalosti vývoje flóry, fauny a celé krajiny v minulosti. Dlouhodobý výzkum evropských biotopů, zejména lesů, trávníků, pramenišť a rašelinišť, realizovaný na Ústavu botaniky a zoologie, vedl k vypsání řady magisterských a doktorských disertačních prací, které se zmíněnými aspekty zabývají. Tento projekt integruje jejich aktuální výzkumy v oborech ekologie rostlin a živočichů, biogeografie, biosystematika a evoluce rostlin a kvartérní paleoekologie. Stejně jako v minulých letech tvoří jádro týmu studenti interní formy doktorského studia. Tým doplňují jejich školitelé a magisterští studenti. Biosystematické studie povedou k pochopení vzniku současné diverzity na druhové úrovni. Výzkum mezidruhových interakcí na úrovni společenstev (predace v měkkýších, poloparazitismus v rostlinných společenstvech) povede k lepšímu pochopení lokální diverzity a ukáže možnosti jejího ovlivnění managementovými zásahy. Velkoškálové studie povedou k pochopení vzorců rozšíření jednotlivých společenstev, ale i k identifikaci faktorů, které je předurčují (klima, půdní reakce, podloží, management přírodních zdrojů, úroveň znečištění prostředí). Výsledkem budou zejména publikace, na nichž se budou studenti autorsky podílet, ve většině případů jako hlavní autoři.