Informace o projektu
Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů
(Biomarker)
- Kód projektu
- 2B06052
- Období řešení
- 7/2006 - 6/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Zdravý a kvalitní život
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Klíčová slova
- zpracování obrazu; optická mikroskopie; buněčné jádro; prostorové uspořádání; exprese genů; mikročipy; nádorová onemocnění; diagnostické markery
- Spolupracující organizace
-
Vysoké učení technické v Brně
- Odpovědná osoba doc. RNDr. Pavel Smrž, Ph.D.
- Odpovědná osoba Ing. Miloslav Richter, Ph.D.
Předmětem výzkumu budou nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s genomickými a proteomickými technikami značení a sledování vybraných součástí buňky pomohou při vytipování markerů, screeningu a časné diagnostice nádorových onemocnění. U těchto postupů zpracování obrazových dat se zaměříme nejen na kvalitu a robustnost, ale také na rychlost a na možnost vysokého stupně automatizace. Budou zkoumány možnosti zvýšení rychlosti bez snížení kvality mimo jiné pomocí hardwarové akcelerace vybraných metod zpracování obrazu pomocí speciálních počítačových karet. Zrychlení a automatizace anlýzy obrazů buněk a jejich součástí jsou nutnými předpoklady pro zvýšení množství zpracovaných buněk či pacientů a tím i počtu studií, statistické významnosti výsledků a pro umožnění zkoumání i řídkých jevů. Projekt bude realizován v úzké spolupráci mezi molekulárními biology a informatiky.
Výsledky
Cílem projektu je vyvinout nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s výzkumem genomických a proteomických technik pomohou s vytipováním markerů, screeningu a diagnostice nádorových onemocnění.
Publikace
Počet publikací: 121
2008
-
3D OptiGen 0.2
Rok: 2008
-
Acquiarium version 1.6
Rok: 2008
-
An Adaptive Algorithm for Multimodal Focus Functions in Automated Fluorescence Microscopy
Medical Imaging Conference, rok: 2008
-
Arbitrarily-Oriented Anisotropic 3D Gaussian Filtering Computed with 1D Convolutions without Interpolation
Proceedings of 8th WSEAS International Conference on Signal Processing, Computational Geometry and Artificial Vision, rok: 2008
-
cDNA Microarray: Gene Expression Profiling of Small Cell Populations
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
Gene Expression differences in bone marrow hematoietic stem cell subpopulation
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
Gene Expression Profiling During Ex Vivo Granulopoiesis: a Possible Tool for Quality Assessment of CD34+ Cells from Lymphoma Patients
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
High-Resolution Image Cytometry of a Large Number of 3D Confocal FISH and Immunofluorescence Stained Cells
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
Interactions of apoptotic proteins AIF and endonuclease G analyzed by bioinformatic predictions, molecular docking, and fluorescent microscopy
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
New approaches to automated cell image acquisition and analysis using fluorescence microscopy
Rok: 2008, druh: Vyžádané přednášky