Informace o projektu
Integrovaná analýza genomu a proteomu terapeuticky významných bakteriofágů kombinací elektroforézy a hmotnostní spektrometrie
- Kód projektu
- GA203/03/0515
- Období řešení
- 1/2003 - 1/2005
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
- Klíčová slova
- hmotnostní spektrometrie, kapilární elektroforéza, proteom, bakteriofág
Předpokládá se, že zástupci některých kmenů bakteriofágů (virů bakterií),
případně jejich specifické proteiny a peptidy, mohou sloužit jako nové
účinné prostředky v léčbě bakteriálních infekcí. Pro racionální vývoj fágové
terapie, bez nežádoucích účinků současných antibiotik, je třeba nalézt vztah
mezi požadovanými biologickými vlastnostmi vhodných fágů a jejich genomem a proteomem. K dosažení tohoto cíle je nutné vyvinout novou technologii pro
rychlou a spolehlivou analýzu fágové molekulární struktury. V tomto projektu
bude vyvinut trojrozměrný separační systém pro analýzu fágů. V první fázi
použijeme pro separaci celkové směsi fágových proteinů mikropreparativní
kapilární elektroforézu s vysoce citlivou detekcí na bázi laserem indukované
fluorescence (LIF) s nekovalentním značením. Získaný fingerprint poslouží k odhalení diferencí proteinového obsahu fágů a k řízení automatického sběru
frakcí. Frakce bodou následně štěpeny trypsinem imobilizovaným na stěnách
sběrných jamek. V závěrečném kroku budou tryptické peptidové štěpy
analyzovány kombinací kapilární elektroforézy a hmotnostní spektrometrie. K získání sekvence peptidů a informace o post-translačních modifikacích
použijeme metody hmotnostní spektrometrie využívající jak elektrosprejové
ionizace s iontovou pastí (ESI/IT), tak laserové desorbce a ionizace vzorku
z matrice (MALDI/TOF). Pro studium jsme zvolili fága 812 a jeho mutanty
vykazující silnou lytickou aktivitu a rozdílnou specifitu k hostiteli.
Publikace
Počet publikací: 32
2005
-
Analýza genomu a proteomu polyvalentního stafylokokového bakteriofága 812
Informační listy Česko-Slovenské genetické společnosti Gregora Mendela., rok: 2005, ročník: 28, vydání: 1
-
Analýza proteomu polyvalentního fága
Študentská vedecká konferencia, rok: 2005
-
Analyzátory doby letu (TOF), QqTOF a TOF/TOF
Rok: 2005, počet stran: 1 s.
-
Capillary Electrophoresis Combined with Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry and Native Fluorescence Detection for Protein Analysis
Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty
-
Genomika bakteriofágů
Informační listy Genetické společnosti Gregora Mendela, rok: 2005, ročník: 29, vydání: 1
-
Charakterizace proteomu bakteriofága 812
Chemické listy, rok: 2005, ročník: 99, vydání: 12
-
Instrumentation strategy for investigation of bacteriophage 812 proteome by on-line combination of capillary electrophoresis, electrochromatography and liquid chromatography with mass spectrometry
18th International Symposium on MicroScale Bioseparations (MSB), rok: 2005
-
Ionizace MALDI a její využití ve spojení se separačními technikami
Rok: 2005, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
Rapid Analysis of Protein Differential Abundance Using O18/O16 Labelling and MALDI TOF MS with 2 kHz Laser
Proceedings of the 53rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, rok: 2005
-
Sensitive determination of food colorant erythrosine and other xanthene dyes by CE-LIF
Book of Abstracts - 11th International Symposium on Separation Sciences 2005, rok: 2005