Moderní metody světelné mikroskopie a analýzy obrazu

Seznámení se s různými typy mikroskopických metod a s analýzou obrazu. Cílovou skupinou jsou všichni se zájmem o mikroskopii a analýzu obrazu.

Světelná mikroskopie prošla v poslední dekádě významným rozvojem. Vznikly různé metody inovativního světelného zobrazování, jako kvantitativní fázové zobrazování a jeho podtypy. Oproti tradičním světelným trechnikám toto umožňuje kvantifikovat dynamiku fyzikálních parametrů buněk a tkání, například rozložení suché hmoty v prostoru. Tato metoda je rovněž vhodná pro automatické zpracování obrazu - neobsahuje totiž artefakty vyskytující u tradičních metod. Dlouhodobé sledování buněčných populací umožňuje analýzu buněčných procesů v čase - proliferace, smrt, migrace, apod.

Tento kurz seznámí účastníky se základními principy kvantitativního fázového zobrazování a metodami schopnými tohoto zobrazování (holografická mikroskopie). Náplní kurzu bude demonstrace jeho možnosti v buněčné biologii. Současně bude představeno využití techniky v mechanobiologii s pomocí fluidiky. Náplní kurzu bude také seznámení učastníků s metodami obrazové analýzy sloužící ke klasifikaci buněčných procesů (typy buněčné smrti) a predikci těchto jevů pomocí metod strojového učení (deep learning).

Preliminární program kurzu:

• 10:00-12:00 Teorie: principy mikroskopie a aobrazové analýzy
• 12:00-13:00 přestávka na oběd
• 13:00-16:00 hands-on (rozdělení do skupin mikroskopie/mechanobiologie/analýza obrazu)

Lektoři:

• Jan Balvan
• Jaromír Gumulec
• Tomáš Vičar

Kurz je podpořen z projektu Národní plán obnovy.